Prezbiterium
Oprócz omówionych wyżej fresków, w prezbiterium, w centrum przed naszymi oczami widzimy potężny drewniany ołtarz koloru hebanowego. Ołtarz Archikatedry Lubelskiej ma 25 m. wysokości i jest drugim, co do wielkości drewnianym ołtarzem w Polsce (większy o 1 m. jest w katedrze w Pelplinie), zbudowanym w XVII w. Zwieńczony jest 2,5 m. krucyfiksem liczącym sobie czterysta lat i stanowi dawną własność katedry krasnostawskiej. Wykonany jest z sosny z oklejanymi elementami z ciemnego drewna (może to być, jak twierdzą niektórzy gruszka libańska?).
Fundatorami ołtarza byli: Jan Mikołaj Daniłowicz i jego druga żona Zofia z Tęczyńskich. Ich herby: Sas – Daniłowiczów i Topór – Tęczyńskich mają swoje miejsce w ołtarzu. Za biskupa Baranowskiego zrobiono tabernakulum przypominające w miniaturze Bazylikę św. Jana na Lateranie.
W wielkim ołtarzu znajdują się trzy obrazy nawiązujące do patronów świątyni:
1. Pierwszy przedstawia Chrzest Chrystusa w Jordanie, udzielany przez Jana Chrzciciela. Występuje tu cała Trójca Święta: Syn Boży przyjmuje chrzest, z uchylonych niebios ukazuje się Bóg Ojciec, trzymający kulę ziemską w lewej dłoni. Nad Jezusem zjawia się Duch Święty w postaci gołębicy.
Aniołowie adorują Syna Bożego.
2. Drugi obraz przedstawia Ukrzyżowanie Jezusa. Pod krzyżem stoi Matka Boleściwa, św. Jan, umiłowany uczeń oraz św. Maria Magdalena.
Za tymi obrazami znajduje się wyzłocona płaskorzeźba przedstawiająca stajenkę betlejemską nieznanego autora z XVII wieku. Płaskorzeźba ta widoczna jest w okresie Bożego Narodzenia.
Obrazy te są podnoszone i odsłaniane zgodnie z uroczystościami roku liturgicznego.
3. Trzeci, mniejszy obraz znajduje się nad omówionymi i ukazuje św. Jana na wyspie Patmos piszącego Ewangelię.
W ołtarzu znajdują się patronowie Polski, biskupi i męczennicy: z lewej strony św. Wojciech a z prawej św. Stanisław nad nimi trudne do ustalenia postacie. Jedni widzą w nich św. Jadwigę i Władysława Jagiełłę, inni fundatorów ołtarza. Nikt jednak nie jest w stanie do końca ich rozpoznać. Niech, więc pozostaną jeszcze jedną tajemnicą tej świątyni.
Prezbiterium oprócz cennego ołtarza i fresków, ozdobione jest również dwoma osiemnastowiecznymi obrazami pędzla Franciszka Lekszyckiego: Ostatnia Wieczerza i Uczta u Heroda. Franciszek Lekszycki był zakonnikiem, bernardynem. Dopasował on obrazy do barokowego wystroju świątyni, na obydwu przedstawił przyjęcia. Obrazy przenoszą nas do czasów Pana Jezusa. Na jednym Chrystus w obliczu dokonanego dzieła wraz z uczniami spożywa ostatnią wieczerzę. Drugi obraz może zadać widzom nie mało kłopotu. Niewielu pielgrzymów jest w stanie prawidłowo odczytać treść obrazu. Powiedzielibyśmy, że obraz ten nie pasuje do świątyni. Biesiadnicy ubrani w stroje z okresu baroku w niczym nie przypominają biblijnej sceny. Tymczasem jest to moment, kiedy Salome, córka Herodiady przynosi na misie ściętą głowę Jana Chrzciciela. Wszystkie twarze zwrócone są na tego, który doświadcza niewinnej śmierci. Herod zaś pełen pychy i próżności przypatruje się, do czego doprowadziła go bezmyślność.
Świątynia przez długie lata nie była przeznaczona dla biskupów, stąd po powstaniu diecezji pojawiają się stalle dla kapituły i tron biskupi. Obecny tron biskupi pochodzi z 1899 roku. Stoi po lewej stronie ołtarza. Został wykonany w Warszawie z dębowego drewna. Koszt pokryło wspominane wcześniej Bractwo Trójcy Świętej. Po przeciwnej stronie, przy wejściu do zakrystii, stoi stalla biskupia, a przy ołtarzu posoborowym stalle dla kanoników.
Przy wejściu do prezbiterium znajduje się zabytkowa chrzcielnica w kształcie kielicha, wykonana z brązu. Powstanie chrzcielnicy datuje się na koniec XIV lub w początki XV wieku. Została ona przyniesiona do katedry z Kolegiaty św. Michała. Posiada napisy w języku staroniemieckim:,,+ hilf+God+Maria+ Berod” (pomagaj Boże i Maryjo do chleba), dlatego podczas okupacji niemieckiej została wywieziona do Krakowa na Wawel, jako zabytek kultury germańskiej na terenach słowiańskich.
Na szczęście po wojnie wróciła na swoje miejsce.
Po prawej stronie tuż przed prezbiterium znajdują się relikwie i obraz przedstawiający św. Jana Pawła II. Autorem obrazu jest Tatiana Majewska. Poświęcony przez Nuncjusza Apostolskiego w Polsce Abp. Celestino Migliore 18 maja 2011 r.
